Les dunes de Saint-Jean-le-Thomas soumises à l'érosion marine constituent un milieu extrémement fragile.
Elles protègent les habitations et le marais des assauts de la mer lors des tempêtes.
Elles servent aussi d'habitat à quantité d'espèces végétales et animales spécifiques à la Baie du Mont-Saint-Michel, qui ont besoin de quiètude pour vivre et se reproduire.
Tous ces motifs justifent que leur accès soit interdit dans le but de les préserver.

Voir l'article sur la protection des dunes sur le site de l'ONF.